Ich hielt es ja erst für einen unabänderbaren Bug und wäre auch nie auf die Idee gekommen, dass es in den Systemeinstellungen einen einfachen Haken gibt, der dieses Ärgernis beendet.

Problem: Verwendete man mehrere "Spaces" (z.B. Fenster im Vollbildmodus) und rechnet mit einer bestimmten Reihenfolge dieser Spaces von links nach rechts, so ändert sich ab und an die Reihenfolge.
Direkt nach dem Desktop folgt der VNC-Zugriff auf den Server, dann der Kalender...verwendet man einmal den Kalender, so ändert sich die Reihenfolge in Desktop-Kalender-VNC.
Was hatte ich schon geflucht!

Lösung: Entfernt man den Haken "Spaces automatisch anhand der letzten Verwendung ausrichten" in den Systemeinstellungen > Mission Control, bleiben die Spaces in der Reihenfolge, in der man sie gerne hätte.